（一）办公室
综合协调局机关日常事务，负责文书档案、机要保密、会议组织、新闻宣传发布、政务信息、提案议案、综合统计、对外接待、来信来访、信息化建设以及社会治安综合治理工作；管理机关公产和行政后勤事务；组织协调开展与药品监督管理和消费环节食品、保健食品、化妆品安全管理有关的交流与合作。负责局机关财务计划、收支、预算、决算、拨款、审计、资产管理工作。负责专项经费、基本建设项目经费的管理使用；负责罚没收入的监督管理。负责局机关的机构编制、干部人事、劳动工资和目标管理工作；拟定上报人员培训计划并组织实施；承担执业药师资格及药学专业技术职称申报初审工作；负责机关离退休人员的管理服务工作；承担机关党组织的日常工作；负责机关直属单位的党群工作。
（二）政策法规科
指导全州食品药品监督管理系统法制建设工作；参与起草食品药品监督管理方面的民族自治地方单行条例；负责全州食品药品监督管理系统行政执法的监督和听证工作；承担行政复议、应诉和行政赔偿等工作；负责规范性文件的合法性审核和备案工作。
（三）食品化妆品监管科
负责消费环节食品安全监督管理工作；拟定消费环节食品安全管理规范并组织实施；依法组织实施餐饮服务许可；组织实施消费环节食品安全状况调查和安全风险评估信息和资料收集工作，发布与监管有关的工作信息；指导和组织全州餐饮业、食堂等消费环节的食品安全事故处理工作。承担保健食品相关行政许可的管理工作；依法对保健食品进行监督检查。监督实施保健食品安全许可有关规范和标准；依法组织实施并监督指导保健食品安全状况调查和监测工作,发布监管有关工作信息；审查和监测保健食品广告；指导和监督全州保健食品安全事故的处理工作。负责餐饮环节食品质量投诉受理工作。
承担保健食品、化妆品相关行政许可的管理工作；依法对保健食品、化妆品进行监督检查。监督实施保健食品化妆品安全许可有关规范和标准；依法组织实施并监督指导保健食品化妆品安全状况调查和监测工作,发布监管有关工作信息；审查和监测保健食品、化妆品广告；指导和监督全州保健食品、化妆品安全事故的处理工作。负责保健食品、化妆品质量投诉受理工作。
（四）综合业务科(中药民族药监管科）
监督实施国家药品生产标准、直接接触药品的包装材料和容器产品目录、药用辅料、医疗机构制剂标准；组织实施中药、民族药监督管理和质量标准；执行国家中药材品种保护制度和中药材（民族药材）地方标准及中药饮片炮制规范；对依赖性药物滥用进行监测；监督实施药品生产和医疗机构制剂质量管理规范；依法负责放射性药品、麻醉药品、医疗用毒性药品及精神药品等监督管理工作。指导本辖区药品检验机构的业务工作。
（五）医疗器械科
承担全州医疗器械的生产、流通、使用的监督管理工作；负责一类医疗器械生产的审查批准和注册；接受省食品药品监督管理局委托受理全州医疗器械经营零售企业的申请、审查和《许可证》颁发工作；监督实施医疗器械、体外诊断试剂、卫生材料产品的国家标准、行业标准、注册产品标准和生产质量管理规范；执行医疗器械产品分类管理目录；受理医疗机构制剂品种的注册和医疗器械经营许可申请；发布医疗器械质量公告；监测医疗器械广告；负责医疗器械质量投诉受理工作。
（六）药品市场监督科
监督检查药品流通管理法律、法规在辖区内的执行情况；监督实施处方药、非处方药、中药材、中药饮片的购销规则和药品经营质量管理规范；监督检查药品经营、使用单位的药品质量；组织实施药品质量监督抽验工作；负责药品批发企业的资格初审和药品零售企业经营许可的审批；参与实施基本药物制度；依法监督检查药品广告的发布情况；搜集反馈辖区内药品质量信息。
（七）食品药品行政许可科
负责受理本部门职责范围内的行政许可及审批事项；负责受理省食品药品监督管理局委托的其它行政准入工作。协调有关科室按时限完成行政许可、审核、审批工作；统一送达行政许可等事项；负责综合统计；承担科技信息化管理。
（八）纪检监察机构 州纪委派驻州食品药品监督管理局纪检组、州监察局派驻州食品药品监督管理局监察室，负责州食品药品监督管理局纪检监察工作。
（九）黔东南州食品药品稽查支队
拟定消费环节食品安全和研制、生产、流通、使用环节药品、医疗器械、保健食品、化妆品监督管理稽查制度并监督实施；组织开展全州食品餐饮环节和药品、医疗器械、保健食品、化妆品监督检查，依法查处重大违法案件；组织实施相关的稽查抽验，负责辖区内食品餐饮环节和药品、医疗器械、保健食品、化妆品的抽样送验工作；核查辖区内的不合格药品和医疗器械；组织对有关突发不良事件的风险评估和产品质量安全突发事件的应急处理；对产品召回进行监督；指导、监督、协调辖区内县（市）食品药品监督管理局的稽查执法、案件查处、应急处理、产品召回工作；承办局交办的其他工作。
