黔东南州食品药品监督管理局为州人民政府工作部门，是州人民政府主管全州餐饮服务食品、药品、医疗器械、保健食品、化妆品管理的职能部门。其主要职责是负责对全州药品(包括中药材、中药饮片、中成药、化学原料药及其制剂、抗生素、生化药品、生物制品、诊断药品、放射性药品、麻醉药品、毒性药品、精神药品、医药包装材料等)和 医疗器械（卫生材料）的研究、生产、流通、使用进行行政监督和技术监督，负责对餐饮服务食品、保健食品、化妆品安全监督管理。

    黔东南州食品药品监督管理局内设办公室、政策法规科、食品化妆品监管科、综合业务科（中药民族药监管科）、医疗器械科、药品市场监督科、食品药品行政许可科等7个职能科室和黔东南州食品药品稽查支队，还设有纪检监察室、食品安全监察专员，下属单位有黔东南州食品药品检验所。